Am Fuße des Hügels, auf dem Bauer Ferdinand, seine Frau Juliette, die beiden Kinder Tom und Lili sowie all die Tiere des Bauernhofs leben, herrscht Unruhe unter den Fröschen. Es gibt keinen Zweifel, alle Vorhersagen stimmen überein: Eine neue Sintflut steht bevor!
Angesichts des drohenden Unheils fassen sich die Frösche ein Herz und tun das, was sie sonst nie tun: Sie sprechen mit den Menschen. Die Präsidentin der Frösche prophezeit Tom und Lili, dass es vierzig Tage und vierzig Nächte regnen wird - nichts wird das Unheil aufhalten können. Als sich die Wolken langsam zuziehen und der Himmel sich verdunkelt, beginnt für Ferdinands Familie und ihre Tiere ein großes Abenteuer…
Mit ihrer modernen Version der Arche-Noah-Erzählung präsentieren der französische Zeichentrick-Regisseur Jacques-Rémy Girerd und sein Studio Folimage ein spannendes Abenteuer für die ganze Familie. Mit außergewöhnlichen Bildern und sympathischen Charakteren geht DAS GEHEIMNIS DER FRÖSCHE dabei der Frage nach, was wohl passiert, wenn Mensch und Tier gemeinsam in einem Boot sitzen (müssen).